El Instituto Campechano es la institución de educación superior más antigua del estado. Su fundación se vincula con los programas de instrucción elemental y media que se instrumentaron en la entidad en el siglo XVIII.
En 1715 se autorizó  la orden de los jesuitas que erigieran un colegio el cual fue puesto bajo la advocación de San José. Dicho plantel entró en funciones el día 4 de noviembre de 1756.
Cuando los integrantes de la compañía de Jesús resultaron expulsados de todos los territorios del dominio español, la conducción del colegio estuvo encomendada a la orden religiosa de los San Franciscanos  quienes se hicieron cargo de la educación en Campeche. Ellos fueron los que concluyeron la construcción de la cúpula y la capilla mayor del templo.
Esta labor educativa continúo hasta el año de 1823 cuando se fundó el colegio clerical del arcángel San Miguel, en el antiguo sitio que ocupaba el colegio de San José.
La nueva institución, en honor a sus benefactores, la Sra. Josefa de la Fuente Vda. de Estrada,  y el sobrino de esta, el Pbro. Miguel de Estrada, fue denominado por acuerdo de su órgano de gobierno,  Colegio Clerical de San Miguel de Estrada;  nombre que mantuvo hasta mediados del siglo XIX.
Más tarde, el movimiento liberal de 1857 promovió la creación del centro de estudios que fue el cimiento y piedra angular de la educación en el nuevo estado de Campeche y para tal efecto el 31 de diciembre de 1859 el gobernador Lic. Pablo García y  Montilla decretó: “Se establece en esta capital un colegio de segunda  y alta enseñanza, bajo el nombre de Instituto Campechano, en el edificio que originariamente fue convento de jesuitas y en el que después estuvo el colegio clerical de San Miguel de Estrada”. El Benemérito Instituto Campechano se inauguró el día 2 de febrero de 1860, siendo su primer rector fue el Lic. Don Tomás Aznar Barbachano.

El impulso inicial de la transformación de sus sistemas de enseñanza fue obra del Lic. Aznar Barbachano quien fue el que proyecto y formuló el nuevo reglamento al que debía sujetarse el amplio plan de estudios del Instituto Campechano, que garantizaba a los alumnos el derecho de adquirir una instrucción más amplia y positiva con respecto a la que se impartía en el seminario, el cual no incluía en su programa de estudios los nuevos métodos de investigación científica.
Al iniciar sus funciones en  el Benemérito  Instituto Campechano se matricularon 138 alumnos que se distribuyeron en diferentes cursos, constituyendo las escuelas de Medicina, Farmacia y Jurisprudencia, ésta última a cargo del erudito y elocuente orador, el Lic. Don José María Regil y Estrada, de grata  memoria.